Malgré les bouleversements continuels dans sa vie personnelle, le travail cinématographique de Depp n'en était pas moins magique et brillant. Il a fourni d'excellentes prestations, particulièrement dans What's Eating Gilbert Grape? et Benny & Joon, en 1993. Et c'était sans compter sa profonde interprétation dans le "western" de Jim Jarmusch, Dead Man, ainsi que son inoubliable talent de séducteur névrosé dans Don Juan DeMarco, tous deux en 1995. Son impressionnant rôle d'agent spécial du FBI aux côtés du mafioso rusé Al Pacino dans Donnie Brasco en 1997, a simplement confirmé sa réputation en tant qu'un des acteurs les plus doués de sa génération.
Aucunement étranger au cercle des liaisons célébres -- il a des engagements brisés avec les actrices Sherilynn Fenn, Jennifer Grey et Juliette Lewis, en plus de sa romance échouée avec Winona Ryder -- Depp a été impliqué sporadiquement avec l'ultra-svelte top-model Kate Moss depuis 1994, après que les deux se soient rencontrés au chic Café Tabac de NewYork. Depuis le printemps 1999, Johnny habite en France avec la chanteuse/actrice Vanessa Paradis et leur fille, Lily Rose Melody. Johnny arbore un tattoo "Betty Sue" marqué au poncif sur son biceps gauche en l'honneur de sa mère. En 1996, il a acheté un manoir somptueux à Hollywood Hills, antérieurement habité par le légendaire interpréte de Dracula, Bela Lugosi; le manoir loge maintenant Depp et ses collections d'insectes, de livres rares et de pistolets.
Dans Fear and Loathing in Las Vegas (1998), qui met également en vedette Benicio Del Toro, Terry Gilliam, a dirigé l'adaptation de la pseudo-mémoire d'un ami de Depp, Hunter S. Thompson, fortement inspiré par la drogue et ses effets. Depp apparaît aux côtés de Charlize Theron dans le film de science-fiction/horreur The Astronaut's Wife; et il apparaît également dans le rôle d'un marchand de livres rares à la poursuite d'un texte demoniaque, dans The Ninth Gate, de Roman Polanski; il partagera la vedette avec Ryder et Sam Shepard dans Just to Be Together, du fameux directeur octogénaire Michelangelo Antonioni. Depp continuera également la recherche d'un distributeur américain pour son premier long métrage en tant qu'auteur-directeur-acteur dans The Brave, dont la première fut présentée à Cannes en 1997.
Les plus récents longs métrages de Depp incluent une série de suspense (thrillers), y compris The Astronaut's Wife, The Ninth Gate, et le tout dernier, Sleepy Hollow -- avec Christina Ricci, Depp est de nouveau réuni avec le directeur Tim Burton. Prochainement, il faudra le surveiller dans Blow (avec Penélope Cruz, Cliff Curtis), The Man Who Cried (avec Cate Blanchett et Christina Ricci), From Hell (avec Heather Graham), Chocolat (avec Juliette Binoche, Lena Olin et Alfred Molina) et The Man Who Killed Don Quixote (avec Vanessa Paradis, Miranda Richardson, Christopher Eccleston and Bill Paterson).